Агент Фил Колсон (Кларк Грегг) и его коллеги из секретной организации Щ.И.Т. — бойцы невидимого фронта, которые стоят на защите мира и спокойствия жителей Земли. Многое изменилось после вторжения пришельцев в Нью-Йорк. Начали появляться новые супергерои, которые далеко не всегда выступают на стороне добра и справедливости. Кроме того, людям стали доступны новые технологии и даже артефакты внеземного происхождения, которые могут натворить немало бед, если попадут не в те руки. За всем этим следит таинственный Щ.И.Т. и если что-то выйдет из-под контроля, лучшие агенты организации найдут способ ликвидировать угрозу.
Уже год Мак выполняет обязанности директора «Щ.И.Т.а», из-за чего он расстаётся с Еленой, которая обретает новую любовь в лице агента Келлера. Тем временем, на другом конце Галактики агенты Дейзи Джонсон, Джемма Симмонс, Пайпер и Дэвис ищут Лео Фитца, который пробудился в результате разрушения криогенной капсулы неизвестным инопланетным кораблём. Зефир также подвергается нападению, и Джемма задаёт координаты Фитца несмотря на несогласие остальных. На Землю прибывает группа неизве ...
Мак и Мэй нанимают нового учёного Маркуса Бенсона, который начинает изучение трупа х, застрявшего в стене. Группа Сержанта совершает ограбление ювелирного магазина для добычи кристаллов, нужных им для неизвестных целей. Мэй почти достигает Сержанта, однако он и его группа сбегают. Бенсон выясняет, что группа Сержант уничтожала все миры, в которых они побывали. ...
Фитц и Инок оказываются брошены на планете Китсон в результате череды событий. Дейзи и Джемма следуют за ними. Дэвис ловит Малахи, охотника члена группы хроникомов, желающих устранить Фитца. Фитц и Инок пытаются выиграть денег в инопланетном казино, но Инок проигрывает всю выигранную сумму из-за нехватки человеческого рассуждения. Как только Джемма находит Фитца, его похищает сбежавший Малахи. ...
Сержант прибывает за Диком Шоу, который за год успел создать свою технологическую компанию. «Щ.И.Т.» отправляется спасать его. Мак и Дик ловят Джако и Пакса, Мэй же одолевает Снежинку, однако Сержант похищает Мэй. В то же время на Маяке Йо-Йо, Келлер и Бенсон проводили вскрытие мужчины убитого Сержант и находят в трупе инопланетную летучую мышь, проткнутую специальным ножом. Она внезапно оживает и проникает через рот внутрь Келлера. Его тело начинает разрываться на куски и нагрев ...
Корабль Конфедерации захватывает Зефир-1 с Дейзи, Джеммой, Дэвисом, Пайпер и Иноком на борту. Корабль принадлежит не Конфедерации, а группе хроникомов, ведомых Альтарой, бывшей главнокомандующей Инока, которая хочет использовать Лео Фитца, чтобы тот нашёл способ переместиться во времени и предотвратить разрушение родной планеты хроникомов. Для этого Инок предлагает использовать Симмонс как мотивацию для Фитца. На Земле Сержант и Снежинка оставляют Мэй на бой с заражённым, которог ...
Альтара помещает Фитца и Симмонс в тюрьму их объединенного разума, с целью воссоздания машины времени. Там Фитц узнаёт обо всех произошедших за время его отсутствия событиях. Ситуация осложняется тем, что их преследуют Доктор (версия Фитца из Фреймворка) и озлобленная версия самой Джеммы. Лишь выговорив друг другу всё, что накопилось, они побеждают свои страхи. Инок пытается уговорить Атару освободить ФитцСиммонс, а когда не удаётся, делает это сам. Вместе они сбегают с корабля х ...
Мак пытается понять, кто такой Сержант. «Щ.И.Т.» выслеживает носителей Сорокопутов. К всеобщему удивлению при непосредственной близости два носителя тела носителей начинают кристаллизоваться. Сержант подсказывает, что паразиты боятся холодных температур, и это помогает спасти Мэй и Йо-Йо. За это Мак обязан отпустить Сержант и его комнаду. Фитц, Дейзи и Инок возвращаются на Китсон, где их ловит хозяин планеты, но неожиданно их у него выкупает некая наёмница Айзель, которая просит ...
Дейзи, Мэй, Сержант, Дик и Снежинка отправляются к месту, куда собираются все сорокопуты. Мак втайне следует за ними на Зефире. Паразиты образуют гигантскую кристаллическую структуру, продолжающую разрастаться. Сержант поясняет, что её необходимо уничтожить до прибытия Айзель — того самого создателя, иначе планета погибнет. Однако умалчивает о том, как именно собирается это сделать. Тем временем, корабль с Фитцом и Симмонс приближается к Земле. Айзель признаётся им, что ищет моно ...
До столкновения остаётся 6 минут. Сержант телепортируется на Зефир и с помощью Пэкса и Джако захватывает контроль, требуя развернуть самолёт. Дик не может вовремя обезвредить бомбу и грузовик таранит Башню. Дейзи удаётся сдержать взрыв вибрацией, но теперь им приходится обороняться от целых полчищ сорокопутов. Видя, как Сержант бросил Снежинку и хладнокровно отнёсся к гибели Пэкса, Джако переходит на сторону «Щ.И.Т.а». Вместе с агентами он проникает на корабль Айзель, помогая беж ...
Сержант начинает регенерировать и становиться сильнее. Мэй заявляет, что не помнит, как убивала Сержанта, и команда понимает, что кто-то захватывает их тела одного за другим. Захватчику нужен директор, имеющий доступ ко всем файлам и кодам. Заставив Дэвиса разбиться насмерть и подстрелив руку Пайпер, захватчица Айзель проникает в Мака и спешит в камеру, где находится контейнер из гравитониума, сдерживающий разлом в измерение страха, в котором, как понял Фитц, был создан Сержант и ...
Айзель хочет узнать местонахождение храма Монолитов у Маркуса Бенсона. Она использует контейнер и создаёт копию его покойного мужа Томаса, после чего Бенсон выдаёт координаты, не желая видеть его смерть вновь и вновь. Маку и Йо-Йо удаётся отправить Бенсона сообщить информацию «Щ.И.Т.у». Мэй пытается поговорить с набирающем силу Сержантом и вызволить из него Фила Колсона. Дейзи же считает наоборот и убивает Сержант каждый раз, пока не пробудит воспоминания Колсона силой. Она собир ...
Захватив тело Флинта, Айзель воссоздаёт Монолиты, после чего ломает ногу Флинта. Подавленный тем фактом, что никто его не ценит, Дик использует свои изобретения, чтобы телепортироваться в храм и спасти Мака, Йо-Йо и Флинта. Пайпер эвакуирует Флинта. В Сержанте окончательно проявляются черты Колсона. В храме Айзель начинает ритуал по открытию портала в её измерение. Сержант использует меч, чтобы ранить Мэй и сбросить её в портал... ...
Фитц и Симмонс передают о смерти Мэй. Хроникомы во главе с Малахи захватывает Маяк, убивая множество агентов и Тревора Хана. Фитц догадывается, что они сделали это с помощью разумов Фитца и Симмонс, и собирается убить себя и Джемму, чтобы уничтожить Скелет и хроникомов, однако прибывает Инок, предлагающий им новый план. Тем временем в месте между двумя измерениями, где не существует жизни и смерти, Мэй мешает прибытию бестелесных. Мак вывозит Дика от зомби на квинджете, пока соро ...