События сериала начинаются параллельно третьему эпизоду саги («Месть ситхов») и продолжаются на протяжении приблизительно полутора лет после него. Главные герои — Охотник, Эхо, Тех, Крушила и Прицельщик, клоны из экспериментальной партии, которые в силу определённых генетических особенностей обладают уникальными способностями. Из-за этого они не попали под действие чипов во время Приказа 66 и стали опасными для нового имперского порядка.
Омега обживается в лаборатории Тантисса, изучает базу и вынашивает планы побега.
В поисках Омеги Охотник и Крушила обращаются к мафиозной семье Дюран. Они приводят Пайка, отрубившего рог Роланду, а взамен получают координаты одной из баз Хемлока. Прибыв на это место, герои находят уже уничтоженную базу и небольшой отряд юных клонов, успевших сбежать. Те помогают Охотнику и Крушиле пробраться на базу и скопировать данные с уцелевшего пульта. Охотник узнаёт, что база была перемещена, но точных координат новой лаборатории Хемлока нет. ...
В лаборатории Тантисса прибывает император. Нола Се понимает, что не сможет уничтожить образец крови Омеги в этот раз, и советует девочке бежать, используя планшет учёной. По дороге Омега помогает Прицельщику выбраться из камеры. Вместе они сбегают через питомник, но доктор Эмери поднимает тревогу. Беглецы добираются до шаттла, потерпевшего крушение несколько месяцев назад, и пытаются отправить сигнал помощи остальному отряду. После нескольких неудачных попыток план меняется: При ...
Омега и Прицельщик совершают аварийную посадку на планете Лау. После неудачной попытки покинуть планету Омега договаривается с клерком из космопорта о взятке в 30 000 кредитов и направляется в местный бар, чтобы выиграть кредиты в азартной игре. Получив выигрыш, она собирается отправиться в космопорт, но замечает пропажу Батчера (прирученной Омегой гончей лурка из лабораторий Тантисса). Во время поисков Омега и Прицельщик натыкаются на имперского офицера с отрядом штурмовиков. Он ...
Находясь на Пабу, отряд 99 ожидает прибытия Эхо, чтобы поделиться данными о Тантиссе. Когда Эхо прибывает, Омега рассказывает ему о планшете Нола Се, который может быть активирован через имперский терминал. Прицельщик, по его словам, знает мало охраняемую имперскую базу, где можно активировать планшет. Отряд направляется на Бартон IV, но после отключения защиты ради концентрации энергии на одном из терминалов на базу нападают местные животные. ...
Рекс организует встречу сенаторов Чучи и Сингха, на которой обсуждается противодействие империи. На сенаторов нападает клон-ассасин, Рекс с отрядом ловит его и переправляет на свою базу на Тете. Обыскав клона, они находят список целей, в числе которых указана Омега. Рекс решает пригласить отряд 99, чтобы лично рассказать им о случившемся и больше узнать о лаборатории Тантисса. Империя тем временем посылает другого ассасина для устранения пойманного клона. Пока Рекс и отряд 99 дел ...
Рекс и отряд 99 эвакуируются с базы, направляясь в точку, где их должен забрать Эхо. Клонов преследуют отряд командора Вульфа и выживший ассасин.
Чтобы узнать, что такое «Показатель М» и почему из-за этого империя разыскивает Омегу, Охотник и Крушила обращаются к охотнице за головами Феннек Шэнд. Она обещает им данные в обмен на помощь в поимке одной из своих целей. Омега на Пабу пытается помочь Прицельщику с его психологическими травмами, полученными во время заключения в Тантиссе. ...
На Пабу прибывает Ассаж Вентресс. Она представляется как посланница Феннек Шэнд и рассказывает, что «показатель М» — обозначение высокого показателя медихлориан в крови, свойственного джедаям и чувствительным к силе существам. Охотник, Крушила и Прицельщик выясняют, что Вентресс - военная преступница, требуют от неё покинуть Пабу, но та отказывается и побеждает в схватке. Омега принимает помощь Вентресс в определении состава своей крови. В ходе очередного теста посреди моря Ассаж ...
В лабораториях Тантисса доктор Эмери напрашивается на место Нола Се и становится ведущим сотрудником проекта «Некромант». Узнав, что подопытными являются чувствительные к силе дети и что Омега нужна для изучения возможности клонировать людей с мидихлорианами, она начинает сомневаться в эксперименте и переживает серьёзный кризис. ...
Один из клонов-ассасинов отслеживает местонахождение Пабу и находит там Омегу. Через несколько часов на планету прибывают имперские батальоны и начинают поиски Омеги. Видя бесчинства и разрушения имперских солдат, девочка решает сдаться.
В попытках найти Тантисс отряд 99 организует побег для бывшего адмирала Рампарта, чтобы узнать у него координаты планеты. Статус Омеги, прибывшей в лабораторию, подтверждают, и её помещают к другим подопытным.
Пока отряд 99 посещает станцию на орбите Корусанта, чтобы найти координаты Вейланда и лаборатории горы Тантисс, Омега знакомится с подопытными и разрабатывает план побега.
Отряд 99 и Рампарт продвигаются через джунгли Вейланда к лаборатории. Тем временем Омега находит зверя с непробиваемой бронёй. Эхо попадает на базу и находит доктора Эмери, которая обещает помочь в освобождении Омеги и других детей.
Омега приводит в действие свой план побега: она программирует медицинского дроида, который выводит из строя следящего за ними врача, и выпускает бронированного зверя. Хемлок отправляет все силы на поимку животного. Элитные клоны-ассасины берут в плен Охотника, Крушилу и Прицельщика. Эхо тем временем находит детей в ангаре. Узнав, что остальные члены отряда пойманы, Омега отказывается уходить. Эхо даёт Эмери координаты безопасного места и просит её отвезти туда детей, а в обмен по ...