События сериала начинаются параллельно третьему эпизоду саги («Месть ситхов») и продолжаются на протяжении приблизительно полутора лет после него. Главные герои — Охотник, Эхо, Тех, Крушила и Прицельщик, клоны из экспериментальной партии, которые в силу определённых генетических особенностей обладают уникальными способностями. Из-за этого они не попали под действие чипов во время Приказа 66 и стали опасными для нового имперского порядка.
Сид отправляет отряд на Серенно, чтобы украсть там сокровища из резиденции графа Дуку. Основной проблемой становятся имперские войска, которые уже начали вывозить сокровища с планеты.
После неудачной попытки кражи сокровищ Дуку отряд 99 при помощи местного жителя Ромара Аделла пытается добраться до своего корабля, чтобы покинуть Серенно.
Прицельщик, ставший изгоем среди клонов из-за своей верности империи, поступает на службу после реабилитации и отправляется под командованием командира Коуди на Десикс. Местного губернатора убивают, на его место назначают нового, лояльного империи.
Пока Охотник и Эхо заняты доставкой груза, Сид берёт Крушилу, Омегу и Теха для сопровождения. Их путь лежит на экстремальные гонки, где у Сид есть собственный гонщик. После неудачного пари с головорезом Грини Миллеги и потери дроида-гонщика Тей-О Тех вынужден сам участвовать в гонках. ...
Омега находит необычный артефакт, а пиратка Фи Дженоа, давняя подруга Сид, распознаёт координаты на нём. Отряд отправляется на поиски сокровищ и оказывается на заброшенной планете со следами древней цивилизации.
Омега находит пленённого молодого вуки, которого стремится освободить. Вуки оказывается юнлингом по имени Гунги и просит отвезти его на Кашиик. Прибыв на эту планету, отряд обнаруживает, что трандошанские разбойники грабят её с одобрения империи и захватывают вуки для работорговли. Клоны находят нетронутое поселение в чаще леса и остаются, чтобы помочь справиться с трандошанами. ...
Недовольство клонов растёт. Появляются те, кто готов выдать адмирала Рампарта, уничтожившего поселения на Камино, когда по официальной версии город был уничтожен из-за бури. Сенатор Чучи пытается помешать принятию закона об армии и поднимает вопрос о пенсии для клонов-ветеранов. Она начинает расследование событий на Камино, но важного свидетеля убивают, и сама сенатор спасается только благодаря Рексу. ...
Рекс связывается с отрядом 99 и просит клонов прибыть на Корусант. В столице он поручает отряду украсть копию судового журнала с крейсера адмирала Рампарта. Сенатор Чучи предъявляет улики на слушаниях, и Рампарта обвиняют в военных преступлениях. Император лично вмешивается в обсуждение. Он заявляет, что клоны слишком послушны и, хотя на них нельзя возлагать ответственность за действия адмирала, их отряды должны быть расформированы. Место клонов теперь займёт наёмная армия имперс ...
Охотник, Крушила, Тех и Омега прибывают на Ипсидон, где Сид купила шахту по добыче ипсиума. Шахта оказывается пустой, корабль клонов угоняют, а они сами оказываются завалены в другой заброшенной шахте. Омега, переживая из-за ухода Эхо, ссорится с товарищами и уходит вглубь шахты, где находит большие залежи ипсиума. Клонам удаётся выбраться и попросить о помощи из заброшенного космопорта. ...
Пока отряд ждёт помощи от Сид, Омега вычисляет местонахождение дроида с борта их корабля. Источник сигнала по-прежнему находится на планете, и его поиски приводят клонов в горнодобывающую колонию, возглавляемую Мокко — жадным криминальным авторитетом, эксплуатирующим шахтёров. ...
Пока Охотник, Тех, Крушила и Омега думают, продолжать ли им работать с Сид после инцидента на Ипсидоне, та предлагает им щедрый контракт: они должны украсть груз с разбившегося имперского корабля и получить половину прибыли с продажи. Клоны берутся за это задание, но вместо груза находят опасное существо с непробиваемой бронёй. Оно покидает крейсер и направляется к поселениям, вскоре прибывает имперский флот для его захвата, так что клонам едва удаётся скрыться. Тех узнаёт, что э ...
Отношение империи к клонам ухудшается с каждым днём. Прицельщик отправляется на Бартон IV под началом высокомерного лейтенанта Нолана. Поверхность планеты представляет собой снежную пустыню, где отряд клонов присматривает за складом. Из-за постоянных набегов бандитов на складе остались только двое клонов и командор Мэйдей. При очередном набеге пропадают два ящика, и лейтенант приказывает Прицельщику и командору отправиться за ними. Те находят убежище бандитов и убивают их, но в э ...
Охотник, Тех, Крушила и Омега прикрывают Фи на опасном задании. Когда пиратка узнаёт, что клоны больше не работают с Сид, она привозит их на планету Пабу. Местный мэр Шеп приглашает их на ужин. После нескольких сейсмических толчков становится ясно, что острову угрожает опасный природный катаклизм. ...
Рекс во главе повстанческих сил нападает на имперский крейсер, перевозящий обвинённых в измене клонов. До прибытия подкрепления Эхо успевает скопировать часть данных. Освобождённых клонов привозят на Корусант, где информацию передают сенатору Чучи, продолжающей работать с Рексом. Тем временем Прицельщик находится в лабораториях горы Тантисс на Вейленде, где Ройс Хемлок пытается узнать у него, как найти Омегу. При неудачной попытке к бегству клон успевает отправить бракованной пар ...
В попытках выяснить, где держат арестованных клонов, отряд 99 отправляется на Эриаду, где проходит саммит. Его цель — установить следящее устройство на корабль Хемлока. На Эриаде клоны сталкивается с повстанцами Ондерона, которые планируют взорвать базу вместе с имперскими чиновниками. ...
После взрыва, устроенного повстанцами, отряд 99 пытается выбраться с базы. Тех жертвует собой, чтобы остальные могли спастись. После эвакуации клоны возвращаются на Орд-Мантелл, где в кантине Сид их ждёт медицинский дроид с Камино. Не успев как следует оправиться, Эхо замечает имперский крейсер над планетой. Из-за того, что империя глушит радиосвязь, он не успевает предупредить отряд, и Крушила с Охотником попадают в плен. Хемлок, прибывший во главе имперского отряда, находит Оме ...