События сериала начинаются параллельно третьему эпизоду саги («Месть ситхов») и продолжаются на протяжении приблизительно полутора лет после него. Главные герои — Охотник, Эхо, Тех, Крушила и Прицельщик, клоны из экспериментальной партии, которые в силу определённых генетических особенностей обладают уникальными способностями. Из-за этого они не попали под действие чипов во время Приказа 66 и стали опасными для нового имперского порядка.
Действие начинается в последние часы перед исполнением «приказа 66». Клоны бракованной партии прибывают на помощь другим клонам во главе с джедаем. После отражения атаки дроидов клоны получают «приказ 66» и убивают джедая, но его падавану удаётся бежать. Вернувшись на Камино, клоны попадают на общий сбор, где транслируется заявление Палпатина о реорганизации республики. Они знакомятся с Омегой — девочкой-клоном, созданной как помощник для каминоанцев и работ в лабораториях. Девоч ...
Пытаясь укрыться от внимания империи, бракованная партия прибывает на Салукемай — планету, где живёт клон-дезертир Кат Лукейн, покинувший армию ещё в период войн клонов. Они узнают, что Рэкс был у Ката днём ранее и рассказал о чипах-ингибиторах. Кат намерен покинуть Салукемай, пока империя его не нашла, но в порту клоны узнают, что улететь без кода цепи невозможно. Тех разрабатывает план, согласно которому корабль клонов забирают на штрафстоянку, спрятавшиеся на борту Тех, Эхо и ...
Из-за полученных на Салукемае повреждений отряд 99 совершает аварийную посадку на неизвестной планете. Тем временем на Камино прибывает отряд новобранцев, который получает Прицельщика в командиры и отправляется на Ондерон, чтобы завершить миссию бракованной партии. Прицельщик организует массовый расстрел повстанцев. ...
В поисках провизии и топлива отряд 99 приземляется на планете Пантора. Крушила и Тех остаются у корабля, чтобы переписать сигнатуру, а Охотник, Эхо и Омега отправляются на рынок. Омега теряется и сталкивается с охотницей за наживой, но ей удаётся сбежать.
Бракованная партия отправляется на Орд-Мантелл, чтобы найти информатора джедаев по имени Сид и узнать больше об охотнице, которая пыталась похитить Омегу. Информатором оказывается владелица местной кантины. В обмен на свою помощь она просит клонов вызволить из рабства Мучи, которую поймали зигирийские работорговцы. Позже выясняется, что Мучи - молодой ранкор. ...
Сид предлагает клонам работать на неё. Те соглашаются, понимая, что им нужны деньги и кров. Новым заданием становится кража тактического дроида сепаратистов, который недавно привезли на один из заводов для переплавки. На заводе клоны сталкиваются с сёстрами Рафой и Трейс Мартез, которые тоже ищут дроида, поднимается тревога, героям приходится вместе сражаться с охранными дроидами. В итоге тактический дроид погибает, но Тех успевает скопировать данные и одну из копий отдаёт сёстра ...
Вернувшись с очередного задания Сид, клоны встречают в кантине Рекса. Тот зовёт их на планету-свалку Бракка, где остался старый республиканский крейсер. Добравшись до медотсека, отряд готовится к изъятию чипов, когда Крушила внезапно сходит с ума из-за сбоя своего чипа и набрасывается на товарищей. ...
По прежнему находясь на планете-свалке, клоны попадают под прицел гильдии разборщиков, орудующих на планете, о них докладывают имперским властям. Прицельщик с отрядом направляется на Бракку, чтобы уничтожить дезертиров. Премьер-министр Камино посылает туда же охотника за головами Кэда Бейна, чтобы доставить Омегу живой. ...
Прибыв на место обмена, Кэд Бейн сталкивается с охотницей за головами Феннек Шэнд, которая уже пыталась похитить Омегу на Панторе. Пока два наёмника сражаются, Омега зовёт на помощь отряд 99 и сбегает с планеты.
Боясь за жизнь Омеги, Охотник оставляет её в кантине Сид, а сам с отрядом направляется на Раксус, чтобы спасти оппозиционного сенатора Ави Сингха. Тем временем Сид обнаруживает у Омеги отличные стратегические навыки и пускает их в ход, чтобы заработать в азартной игре. ...
Империя продолжает брать под контроль независимые планеты. На этот раз речь идёт о планете Рилот, где имперские власти строит заводы. Из-за них происходит конфликт между сенатором, поддерживающим империю, и военными.
После ареста военных лидеров Рилота сторонниками империи дочь одного из военачальников по имени Гера просит помощи у бракованной партии, чтобы спасти родителей и бежать с планеты.
Вернувшись в кантину Сид после очередной миссии, клоны обнаруживают там нового владельца - Роланда Дюрана, сына главы преступного клана Изы Дюран. Найдя Сид, они решают вернуть кантину, а для этого похитить из офиса Сид спайс, предназначенный Пайкам, и создать тем самым Роланду серьёзные проблемы. ...
Рекс просит отряд 99 помочь другу-клону Грегору, пославшему сигнал бедствия с необитаемой планеты на дальнем рубеже. Отряд находит на этой планете тайную имперскую базу, при попытке спасти клона Охотник попадает в плен.
Охотника везут на Камино, отряд отправляется за ним. Прибыв на эту планету, клоны обнаруживают, что она практически пуста. Камино начинают обстреливать имперские крейсеры, чтобы уничтожить лаборатории. Отряд приступает к экстренной эвакуации.
Бракованная партия уже в полном составе продолжает эвакуацию с Камино.