Мне думается, что это корабли тех же репликаторов, которые дали Шепарду ядро слежения. Какой им смысл отслеживать самих себя. Или Шепарду отслеживать их. Всё равно, что пилить сук на котором сидиш. А сотрудничество с ними, может ещё очень пригодиться.
Кроме того, Шепард уверен, что они все погибли в фальшивом Атлантисе. И ещё одна мелочь. Копия Вейр, не была репликатором. Как и копии всех остальных членов его команды.