Возможно это связано с временными рамками. 2000 лет назад дронов могло не быть вообще. И их могло вообще не быть в системе Новуса, вплоть до того, как врата на Новусе утонули в лаве. А это было за 30 лет до того, как экипаж Судьбы встретил потомков. Тоесть дроны не знали о существовании Новуса, поскольку при них врата Новуса ни разу не задействовали. Это так же значит, что корабли улетели с Новуса не задолго до этого. Тоесть за 30 - 50 лет, до встречи с потомками.
Найти корабли, которые скорее всего, дрейфуют после разгона, можно только если знать что искать, или случайно. Мне думается, что дроны просто не знают о существовании этих кораблей, так же как не знают о Новусе.
А насчёт вооружения, я надеюсь что Янг и те военные что были с ним, были последними на Новусе. А иначе они бы никуда, и ни на каких кораблях не улетели бы. Иначе, они были бы ужасно похожи на нас. Мы здесь уже на много больше 2000 лет, и куда мы можем улететь? Где по вашему ресурсы для этого?