А почему бы не сделать так: за каждый уровень(вариант: каждое действие вроде убийства врага, выполнение квеста, починки или взлома системы) игрок получает несколько перк-поинтов, затем, затем если их хватает, может купить на них перк, цена которого зависит от перка и выбранного класса. Скажем, солдат может изучить квантовую физику, но для этого придется копить перк-поинты несколько уровней, ученому на изучение этой же дисциплины понадобится меньше перк-поинтов. И наоборот, солдат сравнительно (с ученым) быстро сможет освоить, например, использование мин. Добавить еще отдельную линейку одинаковых для всех классов перков (вроде развития базовой подготовки). Снять ограничение по уровням, но ввести по характеристикам – свое для каждой расы (вряд ли азгард может хоть как то конкурировать в ближнем бою с рейфом, а человек физически не может бегать(а если и может, то только очень тренированный и очень недолго) со скоростью автомобиля). Дать азгардам сначала технологию примитивных экзоскелетов, чтобы не были совсем уж беззащитными, более сильным расам дать его исследовать и использовать позже. Сделать оружейные навыки прокачиваемыми(по мере правильного использования) от 0(пуля летит в прицел только случайно) до 100(пуля летит точно в прицел всегда) процентов, сделать перки вроде: “обучен обращаться с легким оружием”, дающие скажем 25 к соответствующему оружию. Дать при генерации несколько перков в зависимости от класса автоматически и сколько-то “дешевых” на выбор (все же, в подобные экспедиции по логике вещей берут лучших из лучших, главное не сделать ходячих танков или тех, кто не способен попасть даже в сарай ). Сделать баланс в стоимости перк-поинтов таким, чтобы было реально(но сложно) сделать мастера на все руки. То есть, разнообразность разнообразностью, команды командами, но если ты ученый и тренировался, то не придется все время прятаться за спинами солдат-сопартийцев и можешь(во всяком случае теоретически) быть хорошим воином. Характеристики повышаются либо за счет перк-поинтов, либо за счет особых очков по формуле: тек.значение+1. В первом варианте есть риск того, что баланс полетит ко всем чертям.
Можно ввести особые характеристики для сверхспособностей(если они будут) каждой расы (вроде сверх-рейфа из 12 серии Атлантиса или человека Маккея после того как его долбанула машина вознесения) для каждой расы свои. Сделать доступными после получения возможности обретения сверхспособностей. Главное, чтобы не было как в TimeZero, где балансировка псиоников превратилась в целую эпопею и тему для анекдотов.