Вот моя теория как могут проработать 2 корабля в связке миллионы лет:
   Главной задачей кораблей является поиск планет на которых может образоваться или образовалась разумная форма жизни, а так же установка на этих планетах "Звездных Врат" и все это в кратчайшие сроки.
   
   А теперь логически порассуждаем.
Во первых: Для функционирования кораблей нужен мощный и долговечный источник энергии.
Во вторых: Необходимо откуда то брать "Звездные Врата".
 
   Первым приходит на ум в качестве источника энергии использовать звезды, эти гигантские огненные шары. Но у этого источника питания есть один большой минус: их невозможно перевозить вместе с кораблями. Значит на орбите одной из звезд нужно держать корабль-станцию, питающуюся от звезды и постоянно передающую энергию исследовательскому кораблю. Этот же корабль-станция может строить, из энергии полученной от звезды, "Звездные Врата". Для передачи энергии от корабля-станции к исследовательному кораблю можно использовать "Звездные Врата", как мы знаем если через Врата постоянно передовать энергию они будут открыты бесконечно долго. Однако гипертунель создается не между двумя относительно неподвижными точками, а между одной неподвижной и одной подвижной (корабль-станция и исследовательский корабль), значит нужно постоянно отслеживать смещение в пространстве движущихся "Звездных Врат", за что собственно отвечает 9 шеврон.

   Теперь принцип действия кораблей понять довольно легко:
К ближайшей звезде вылетает корабль-станция, после того как он подлетит довольно близко к звезде начинается процесс поглощения энергии звезды, а дальше начинается строительство "Звездных Врат" (изначально на корабле-станции вопще нет "Звездных Врат", они строятся и тестируются довольно долгое время, пока исследовательский корабль не найдет подходящую планету) и открывается гипертунель между кораблем-станцией и исследовательским кораблем, по которому передается энергия. Далее вылетает исследовательский корабль и начинает поиск планет на которых может образоваться или образовалась разумная жизнь, после того как такая планета найдена он посылает через активный гипертунель свои координаты на корабль-станцию. Корабль-станция после получения координат прекращает поглощение энергии от звезды и закрывает гипертунель, затем летит на планету устанавливать "Звездные Врата". В это же время исследовательский корабль продолжает свою миссию и летает без постоянной подпитки от звезды, на акумуляторах. Вероятнее всего именно в этот промежуток времени люди с Земли и сумели открыть гипертунель на исследовательский корабль. После того как корабль-станция установил на планете "Звездные Врата" он снова летит к ближайшей звезде и цикл продолжается.