Да и все же вопрос если на корабле никого не было, кто там "дышал" чтоб нужно было очищать вохдух? При отстутствии потребителей этих систем должно было бы еще на обратный путь хватить в принципе.
На одной сломался - компьютер должен был закрыть следующую или изолировать весь коридор/отсек ведущий к части с шаттлом....
На таком большом корабле не смотря на все меры по очистке вновь прибывших объектов(людей грузов), которых я вообще не наблюдал в СГ1 и атлантисе, а в этой же пилотной серии задрота прямо в домашней одежде(полной клещей, насекомых, бактерий, грибов, водорослей и тд... да и еще наверняка к его штанам прилип солидный кусок сыра от вчерашней пицы, на которую он сел) все равно могли попасть какие либо живые организмы, которые как раз и "надышали" за милионы лет, сформировав наверняка стабильное экологическое сообщество...
А на счет утечки через шатл... возможно что аварийная система корабля была расчитана на поиск повреждений и их блокировку, именно в обшивке корабля, а Шатл не был изначально связан с кораблем или это соединение было нарушено в резуьтате аварии... поэтому Главный компьютер как бы считал что обшивка цела и значит не надо ничего перекрывать...