Мне лично пофигу как и что там в этом новом сериале летать будет и как устроет тот супермега карабель_фабрика_по_установке_врат . Всёравно появится ОНилл и задаст вопрос - " это что еще такое  новое мы открыли???" Какой нибудь Доктор Маккей начнет говорить - "В результате квантового скачка, и нестабильного трата ла ла.. мы получили блалабла", На что будет, сказана гениальная фраза "А по проще можно, для тупых" и будет рожден термин - это новое окно на другом мегамаксипупер уровне и туда можжно пойти и там нас не съедят.

Вот моя теория как могут проработать 2 корабля в связке миллионы лет:
   Главной задачей кораблей является поиск планет на которых может образоваться или образовалась разумная форма жизни, а так же установка на этих планетах "Звездных Врат" и все это в кратчайшие сроки.
   
   А теперь логически порассуждаем.
Во первых: Для функционирования кораблей нужен мощный и долговечный источник энергии.
Во вторых: Необходимо откуда то брать "Звездные Врата".
 
   Первым приходит на ум в качестве источника энергии использовать звезды, эти гигантские огненные шары. Но у этого источника питания есть один большой минус: их невозможно перевозить вместе с кораблями. Значит на орбите одной из звезд нужно держать корабль-станцию, питающуюся от звезды и постоянно передающую энергию исследовательскому кораблю. Этот же корабль-станция может строить, из энергии полученной от звезды, "Звездные Врата". Для передачи энергии от корабля-станции к исследовательному кораблю можно использовать "Звездные Врата", как мы знаем если через Врата постоянно передовать энергию они будут открыты бесконечно долго. Однако гипертунель создается не между двумя относительно неподвижными точками, а между одной неподвижной и одной подвижной (корабль-станция и исследовательский корабль), значит нужно постоянно отслеживать смещение в пространстве движущихся "Звездных Врат", за что собственно отвечает 9 шеврон.

   Теперь принцип действия кораблей понять довольно легко:
К ближайшей звезде вылетает корабль-станция, после того как он подлетит довольно близко к звезде начинается процесс поглощения энергии звезды, а дальше начинается строительство "Звездных Врат" (изначально на корабле-станции вопще нет "Звездных Врат", они строятся и тестируются довольно долгое время, пока исследовательский корабль не найдет подходящую планету) и открывается гипертунель между кораблем-станцией и исследовательским кораблем, по которому передается энергия. Далее вылетает исследовательский корабль и начинает поиск планет на которых может образоваться или образовалась разумная жизнь, после того как такая планета найдена он посылает через активный гипертунель свои координаты на корабль-станцию. Корабль-станция после получения координат прекращает поглощение энергии от звезды и закрывает гипертунель, затем летит на планету устанавливать "Звездные Врата". В это же время исследовательский корабль продолжает свою миссию и летает без постоянной подпитки от звезды, на акумуляторах. Вероятнее всего именно в этот промежуток времени люди с Земли и сумели открыть гипертунель на исследовательский корабль. После того как корабль-станция установил на планете "Звездные Врата" он снова летит к ближайшей звезде и цикл продолжается.

Я думаю, что ответ на этот вопрос, частично был дан в 20-ой серии SGA. Когда Атлантис неожиданно вышел из гиперпространства, Вулси попросил Зеленко настроить врата на текущие координаты, чтобы связаться с Землёй. Можно предположить, что на этих беспилотных кораблях, это происходит автоматически. А если они (корабли) позиционируют себя относительно Земли, то где бы они не находились, набор их адреса приведёт на корабль. Другое дело, что при появлении на корабле людей, эта система может быть также автоматически отключена. И тогда команда не сможет вернуться.