Почему же закончился? Прямо же сказали - в анабиозе придется лететь 3 года! Вот пройдет этот срок, долетят, и в 2014 году начнут снимать 3-й сезон!  

Увы, но текущее состояние с фантастикой, и фантастическими сериалами, в частности, связано с исчерпанием возможности экстенсивного роста в науке и экономике. Посмотрите назад, на динамичный 20-й век. С конца 19-го до середины 20-го века - ошеломляющий шквал научных открытий и технических изобретений. Радио, электроника, авиация, ракетные двигатели, энергия атома, органическая химия и т.д. и т.п. Всё новое и ранее неизвестное. Огромный задел для использования этих идей в науке и технике, чем собственно до сих пор все и занимаются. Первые орбитальные полеты, луноходы, межпланетные зонды. И фантастика также необычайно популярна.
Постепенно темп развития начал спадать. Да, техника развивалась и развивается. Та же электроника шагнула от транзисторов величиной в пятикопеечную монету к процессорам с транзисторами размером в 20 нм. Но это всё те же транзисторы. Принцип действия тот же. Ничего нового. Или вот автомобиль - как был двигатель внутреннего сгорания, так и остался. Экономичнее, экологичнее, совершеннее - но всё тот же принцип. Про космос и говорить нечего - реактивный двигатель со сгорающим химическим топливом на первой ракете, выведшей первый спутник Земли, и тот же двигатель на нынешних Союзах, Протонах, Арианах и Атласах.
А новых, по настоящему революционных идей нет. Тот же первый термоядерный реактор строится уже не один десяток лет. Новые мощные двигатели для космоса не придуманы. Альтернативные методы преодоления пространства не открыты.
И интерес к космосу начал спадать. Во-первых, очень дорого, во-вторых - при нынешнем уровне развития бесперспективно. Даже пилотируемый полет на Марс, о котором в 70-е годы 20-го века говорили как о событии уже почти состоявшемся ("он вот-вот случится, может через 5, максимум через 10 лет"), отложен на неопределенное время.
Соответственно и интерес массового потребителя к научной (!) фантастике начал стремительно падать. Одно дело, когда ты видишь воплощение еще недавно фантастических идей в жизнь, а другое - когда понимаешь, что это недостижимая сказка о далеком-далеком будущем.

Так что же мы имеем? Не смотря на то, что корабль очень стар, некоторые его технологические возможности, превосходят всё, что мы видели за всю историю Звёздных Врат...

С технологическими возможностями некоторый диссонанс наблюдается. Продвинутые технологии копирования личности в компьютер - и весьма слабый медицинский отсек с инструментами, недалеко ушедшими от земной техники. А где, позвольте спросить, продвинутые технологии регенерации? Клонирования органов и тканей, наконец?  Или тот кубик, с которого Телчак спер идею саркофага, появился намного позже?

Пару слов по поводу Марса. Пригодная для дыхания атмосфера, конечно, одно из условий осуществления колонизации. Но, увы, не единственное.

У нашего соседа, в отличие от Земли, нет собственного магнитного поля. А это защита от космической и солнечной радиации. И если атмосферу создать теоретически можно, то магнитное поле в масштабах планеты - никак.

А если серьезно, то интересно, как много поколений может храниться подобная генетическая информация, не искажаясь. Ведь мутации человеческого генома хоть и медленно, но происходят. А следовательно, от первоначально заложенных данных на каком то этапе останутся одни несвязанные обрывки.

Мне не попадалось на глаза вразумительных статей, разъясняющих принцип распаковки генетической информации. Полное описание геномов некоторых животных и человека сделаны совсем недавно. Но пока это всего лишь последовательность знаков без объяснения их взаимосвязи. То есть, к примеру, такой-то ген присутствует, его наличие влияет на синтез такого-то белка в клетке. Потом выясняется, что не только одного, а еще вместе с несколькими другими оперонами - на формирование какой-то иммунной реакции. То есть генетическая запись похожа на файл данных, сжатый архиватором. Измени один кусочек - и при распаковке получишь искажение в нескольких местах сразу.

В продолжение вопроса о небинарной логике и нестандартных компьютерах:

Ученые создали прообраз живого компьютера на основе дрожжей

С вознесшимися тоже не все понятно. Насколько я понимаю, эти правила выработали вознесшиеся древние, которые как бы образовали "клуб по интересам". Так как Джексону помогла вознестись Ома, то она, как "член клуба", обязана заставить своего протеже соблюдать правила.
А Франклин вроде бы вознесся сам (вроде бы, так как никакого намека на присутствие древних показано в серии не было).

Для превращения человека в джаффа нужна только личинка (принта) и надрез в брюшной полости. Совместимость человека и личинки гуаулда подгоняется королевой при получении генетического материала (вспомните, как Хатор охмуряла Джексона). А иммунная  система человека убивается уже самой личинкой (впрочем как и экстрактом из нее - триптонином).